Entenda o tempo que a expressão genética de não codificou nojento no câncer

O lncRNA é um tipo de molécula de RNA que não possui instruções para fazer proteínas. Em vez disso, eles afetam como expressar outros genes. Existem dezenas de milhares de lnsrNAs no corpo humano, muitos dos quais ativos em tecidos ou doenças específicas, como o câncer. No entanto, descobrir o que eles fazem exatamente foi um grande desafio.

Liderado pela Baylor College of Medicine, os primeiros autores de médicos. Hua-Cheng Chiu e Sonal Somvanshi, pesquisadores da Baylor, Universidade Ghent na Bélgica, Universidade de Tsinghua na China e outras instituições colaborando juntos para entender como os lncRNAs funcionam melhor. Os resultados de suas descobertas revelaram que os lncRNAs parecem estar organizando a expressão genética de uma maneira sem precedentes antes. O estudo deles é a história da capa de lançamento deste mês Celuum.

Os RNAs longos e não criptografados participaram de muitas operações celulares importantes, incluindo o desenvolvimento de células e tecidos. Eles podem vincular as áreas de DNA para regular genes no RNA ou organizar eventos pós-cópia-o tratamento desse RNA, alterando sua estabilidade, deterioração e tradução em proteínas.

“Apesar da abundância e associada a doenças específicas, apenas as funções de lncRNAs foram totalmente descritas”, disse o autor correspondente, Dr. Paville Somazine, professor associado de pediatria e membro do Yenan Center em janeiro e Dan, em Baylor. Ele também é diretor do Laboratório Básico de Informática Biológica no Texas Children’s Hospital. “No entanto, esses estudos não eram frequentemente incapazes de fornecer visões mecânicas na função de lncRNA”.

A equipe começou a desenvolver uma poderosa nova ferramenta aritmética chamada Bighorn, que usa aprendizado de máquina para prever o local onde os lnucrnas estão associados a DNA e genes que o organizam. Ao contrário das maneiras antigas que dependem da correspondência estrita de sequência, Bighorn está procurando padrões “flexíveis” mais elásticos no DNA que refletem melhor como os lncRNAs se comporta nas células vivas.

Bighorn testou os dados de mais de 27.000 amostras, incluindo muitos tipos de câncer. Descobrimos que ele supera muito as ferramentas anteriores na previsão de lncRNA-DNA. “

Dr. Hua Shang Cyu, professora assistente de pediatria-oncologia no Baylor Hospital e Texas Children

Curiosamente, Bighorn identificou com precisão casos em que o lncRNA é organizado um gene em cópias e níveis pós-copia-um novo fenômeno chamado pelos pesquisadores coordenou a organização. “Esses lncRNAs podem atuar como gráficos moleculares que controlam a estabilidade e a tradução dos mRNAs que ajudaram a copiar, levando a perfis de expressão dupla”.

Para esclarecer a força dessa abordagem, a equipe se concentrou em um lnsrna ZFAS1. Essa molécula é frequentemente encontrada em altos níveis de células cancerígenas e seu bighorn deve regular muitos genes importantes.

Um dos principais objetivos de ZFAS1 Ele é Dicer1Somazine disse: “O gene do câncer, que desempenha um papel importante na produção de moléculas pequenas de Micornas que ajudam a controlar a expressão genética”, disse Somazine. ZFAS1 Não apenas ajuda a correr Dicer1 O gene, mas também protege flexível da decomposição. Este procedimento duplo faz Dicer1 Depende firmemente de expressar ZFAS1Que funciona como a organização da organização Dicer1 Os níveis, que por sua vez afetam toda a rede de micormas na célula. “

“Embora tenhamos focado em uma reação, os resultados encontrados indicam que os lncRNAs organizam genes via câncer para organizar programas de câncer de maneira eficaz”, disse Somazine. “Em todos os tipos de células cancerígenas, centenas de lncRNAs parecem controlar centenas de genes dessa maneira dupla, criando padrões de expressão intimamente relacionados de importância em doenças como o câncer”.

A ferramenta Bighorn está disponível para o público (https://openrna.org/) Os autores esperam que os cientistas ajudem a detectar os novos papéis dos lncRNAs em tudo, desde a evolução ao envelhecimento e câncer.

Entre os outros acionistas deste trabalho estão Chung-Te Chang, Eric James de Bonnie de Lavirney, Zhaowen Wei, Chih-Hsieh, Wim Typsteen, Kathleen Ae Woodfield, Sanjeev A. Vasudevan, Andras Attila Heczey, M. Waleed Gaber, Gabriel. Xueui Yang. Os pesquisadores pertencem a uma ou mais das seguintes instituições: Baylaur College of Medicine, Hospital Infantil do Texas, Gent University – Bélgica, Universidade de Tsinghua – China, Yang Ming Cyu Tong – Taiwan e Texas Cancer Center na Universidade do Texas – Houston.

Este projeto foi apoiado pelos prêmios CPR180674, RP200504 e RP230120; Programa de Pesquisa e Inovação sobre o horizonte da União Europeia 2020 sob o Contrato de Subsídio 826121; Prêmios do National Cancer Institute R21CA223140 e R21CA286257; Uma bolsa de estudos especial do fundo de pesquisa após um doutorado da Universidade de Gent (BOF21/PDO/007); A Corporação Nacional de Ciências Naturais na China W2411012 e 32330022 é concedida. Os núcleos avançados são suportados por subsídios NIH P01CA261669, P32CA125123, S10D018033, S10D023469, S10D025240, P30E002520.